Situés à l'arrière du temple, donnant sur les chambres de la Grande-Prêtresse, de ses plus proches conseillers et des invités privilégiés de Philae, les jardins s'étendent sur plusieurs centaines de mètres.
Le coeur est un large bassin d'eau cristalline dont la pureté est assurée par des plantes qui filtrent et oxygènent naturellement ce plan d'eau qui abrite des poissons, de petites grenouilles et où viennent boire les oiseaux.
De magnifiques lotus bleus, symbole sacré de la vie éternelle, y dispensent leur parfum enchanteur.
Une grande allée entoure le bassin et sépare le jardin en deux rectangles parfaitement égaux, elle est bordée de centaines de fleurs disposées en parterres et de loin, les couleurs chatoyantes forment un tapis embaumant les sens des visiteurs. On y trouve des lys, des crocus, des marguerites, des colchiques mais aussi des bleuets.
De petits sentiers divisent les côtés en carrés accueillants les plantes médicinales, aromatiques ou potagères, une symétrie parfaite, symbole d'équilibre, est maintenue par les jardiniers.
Chaque parcelle est bordée d'arbres, tel le jujubier, le figuier, le caroubier, le grenadier, le frêne ou encore le dattier.
Les jardins sont entourés d'une grande palissade où grimpent des vigne et du jasmin.
Des bancs de bois sculpté sont disposés ça et là pour inviter les visiteurs au repos à l'ombre des arbres ou à l'abri des regards derrière un bosquet de papyrus.